La Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires se organizó en base a la convergencia de dos tipos de unidades vinculadas con la gestión del quehacer académico: las Escuelas y los Departamentos y un Instituto de Posgrado que concentra la actividad de éste nivel.
El diseño institucional y académico de la UNNOBA fue definido a partir de tres áreas estratégicas de intervención que, se corresponden con la organización de las Escuelas: Ciencias Agrarias, Naturales y Ambientales; Ciencias Económicas y Jurídicas y Tecnología.
Las Escuelas son las unidades académicas donde se dictan las diferentes carreras de pregrado y grado de la universidad. Les corresponde la organización, correcto desarrollo y permanente actualización de las carreras que se dictan en cada una de ellas, siendo responsables de la estructura curricular y de los planes de estudio. El gobierno de cada Escuela es ejercido por un Consejo Directivo y un Director.
Los Departamentos se conforman en torno a las disciplinas o áreas del conocimiento específicas. Éstos proveen a las carreras de docentes requeridos en su disciplina o área. Los departamentos cuya temática sea exclusiva de una escuela dependerán de la misma.
El Departamento de Ciencias Económicas, Jurídicas y Sociales depende de la Escuela de Ciencias Económicas y Jurídicas. El Departamento de Asignaturas Afines y Complementarias y el Departamento de Tecnología dependen de la Escuela de Tecnología.
Los Departamentos de Ciencias Básicas y Experimentales y de Humanidades cuya temática no corresponde específicamente a una Escuela, dependen de la Secretaría Académica de la Universidad, y proveen los docentes a las Escuelas cuyos planes de estudio así lo requieran.
Este esquema de organización en Departamentos permite la movilidad horizontal del cuerpo docente, así como la flexibilidad en la estructura de funcionamiento académico de la Universidad.
